De acordo com relatórios da FDA, os efeitos colaterais mais comuns da semaglutida incluem náusea, diarréia, vômito, prisão de ventre, dor abdominal, distensão abdominal, tontura, dor de cabeça, indigestão, hipoglicemia, gastroenterite e doença do refluxo gastroesofágico.

Em casos mais graves, a semaglutida pode causar pancreatite, cálculos biliares, lesão renal aguda, danos na retina e aumento da frequência cardíaca.

Pessoas que tomam semaglutida têm uma incidência 4,6 vezes maior de pancreatite do que aquelas que tomam outros tipos de medicamentos-para perda de peso, e isso também está associado a um aumento na incidência de gastroparesia.